Qu'est ce que la subrogation en paie : Mécanisme, conditions et conséquences
Définition de la subrogation
La subrogation est un mécanisme juridique qui permet à l’employeur de percevoir directement les indemnités journalières de Sécurité sociale (IJSS) dues au salarié pendant son arrêt de travail.
Autrement dit, lorsque l’employeur maintient la rémunération du salarié durant son absence, il peut demander à la caisse primaire d’assurance maladie (CPAM) de lui verser directement les IJSS.
Le salarié continue donc de percevoir une rémunération mais les flux financiers sont différents :
- l’employeur verse la rémunération au salarié,
- la Sécurité sociale verse les IJSS à l’employeur.
Ce dispositif vise à simplifier la gestion financière de l’arrêt de travail pour le salarié, qui n’a pas à attendre le versement séparé des indemnités.
Article R323-11 Version en vigueur depuis le 14 avril 2021
Modifié par Décret n°2021-428 du 12 avril 2021 - art. 1
« La caisse primaire de l'assurance maladie n'est pas fondée à suspendre le service de l'indemnité journalière lorsque l'employeur maintient à l'assuré, en cas de maladie, tout ou partie de son salaire ou des avantages en nature, soit en vertu d'un contrat individuel ou collectif de travail, soit en vertu des usages, soit de sa propre initiative.
Toutefois, lorsque le salaire est maintenu en totalité, l'employeur est subrogé de plein droit à l'assuré, quelles que soient les clauses du contrat, dans les droits de celui-ci aux indemnités journalières qui lui sont dues.
Lorsque, en vertu d'un contrat individuel ou collectif de travail, le salaire est maintenu en totalité ou en partie sous déduction des indemnités journalières, l'employeur qui paie tout ou partie du salaire pendant la période de maladie sans opérer cette déduction est subrogé de plein droit à l'assuré dans ses droits aux indemnités journalières pour la période considérée, à condition que le salaire maintenu au cours de cette période soit au moins égal au montant des indemnités dues pour la même période.
Dans les autres cas, l'employeur est seulement fondé à poursuivre auprès de l'assuré le recouvrement de la somme correspondant aux indemnités journalières, dans la limite du salaire maintenu pendant la même période.
L'employeur et l'assuré qui se sont mis d'accord pour le maintien d'avantages en nature en cas de maladie, peuvent en informer la caisse et demander le versement par elle à l'employeur de la partie de l'indemnité journalière correspondant à la valeur des avantages maintenus. »
Conditions permettant la subrogation
La subrogation n’est possible que si certaines conditions sont réunies.
Maintien de salaire par l’employeur
La subrogation ne peut être mise en place que lorsque l’employeur maintient la rémunération du salarié pendant l’arrêt de travail.
Ce maintien peut résulter :
- de la loi, notamment dans le cadre du maintien légal prévu par l’article L. 1226-1 du Code du travail en cas d’arrêt maladie ou accident,
- d’une convention collective,
- d’un accord d’entreprise,
- ou d’une décision unilatérale de l’employeur.
Lorsque l’employeur ne maintient pas la rémunération, les IJSS sont versées directement au salarié. Il ne peut pas demander la subrogation.
Durée limitée à la période de maintien
La subrogation ne peut s’appliquer que pendant la période durant laquelle l’employeur maintient la rémunération.
Ainsi, lorsque l’arrêt de travail est soumis au délai de carence légal de 7 jours applicable en matière de maladie, la subrogation ne peut intervenir qu’à compter du 8e jour d’absence, moment où le salaire commence à être maintenu. Entre le 4e et le 7e jour d’arrêt, les indemnités journalières sont versées directement au salarié par l’assurance maladie.
Si le maintien cesse avant la fin de l’arrêt de travail, les IJSS sont alors versées directement au salarié pour la période restante.
Mise en place de la subrogation
La subrogation est déclarée par l’employeur dans la Déclaration sociale nominative (DSN) lors du signalement d’arrêt de travail.
L’employeur doit notamment indiquer s’il demande la subrogation, la période de subrogation et ses coordonnées bancaires pour le versement des IJSS.
Ces informations permettent à la CPAM d’organiser le versement des indemnités directement à l’employeur.
Conséquences de la subrogation sur la paie
Lorsque l’employeur pratique la subrogation, les indemnités journalières versées par la CPAM ne sont pas perçues directement par le salarié. Elles sont versées à l’employeur, qui les reverse ensuite au salarié sur le bulletin de paie.
Dans ce cas, les indemnités journalières doivent apparaître sur le bulletin de paie pour leur montant net dans les éléments du net. Elles ne sont pas soumises aux cotisations sociales, puisqu’elles ne constituent pas une rémunération versée par l’employeur.
Le montant figurant sur le bulletin de paie doit correspondre exactement aux indemnités journalières versées par la CPAM à l’employeur. Il faut donc veiller à ce que le montant reversé au salarié reflète fidèlement les sommes effectivement perçues par l’entreprise.
En pratique, si une erreur de calcul a été commise dans l’estimation des indemnités journalières (par exemple lors de l’établissement du bulletin avant réception du paiement de la CPAM), une régularisation doit être effectuée sur la paie suivante afin que le salarié perçoive précisément le montant d’indemnités journalières versé par l’assurance maladie.
Les montants d’indemnités journalières reversés au salarié sur le bulletin de paie doivent être rapprochés des sommes effectivement versées par la CPAM à l’entreprise. Ce contrôle permet de vérifier la concordance entre les écritures de paie, les règlements de l’assurance maladie et les enregistrements comptables.
Prélèvement à la source en cas de subrogation
Lorsque l’employeur pratique la subrogation, il devient le collecteur de l’impôt pour le compte de l’administration fiscale. Toutefois, les modalités de calcul du prélèvement à la source (PAS) varient selon la nature des indemnités journalières versées et, dans certains cas, selon la durée de l’arrêt de travail.
Particularité du net fiscal et de la déclaration des IJSS
Lorsque l’employeur pratique la subrogation, il peut être amené à corriger la base du PAS appliquée sur le bulletin de paie afin de respecter les règles spécifiques applicables aux indemnités journalières
Cette correction concerne uniquement l’assiette du prélèvement à la source.
En revanche, elle n’a pas d’incidence sur le revenu net imposable figurant sur le bulletin de paie. Les IJSS brutes doivent être déduites du net fiscal, que l’employeur pratique ou non la subrogation.
Cette règle s’explique par le fait que la déclaration fiscale des indemnités journalières n’est pas effectuée par l’employeur. Les montants imposables sont en effet déclarés directement à l’administration fiscale par l’Assurance maladie, qui transmet chaque année les indemnités versées aux bénéficiaires.
Ainsi, même en cas de subrogation, l’employeur intervient uniquement pour prélever l’impôt lorsque la réglementation le prévoit, tandis que la déclaration fiscale des IJSS reste assurée par l’Assurance maladie.
Cas de la maladie non professionnelles
Les indemnités journalières versées en cas d’arrêt maladie constituent un revenu de remplacement imposable à l’impôt sur le revenu.
Lorsque l’employeur pratique la subrogation, ces indemnités journalières doivent être intégrées dans l’assiette du prélèvement à la source.
Toutefois, en matière d’arrêt maladie non professionnel, les règles déclaratives prévoient que l’employeur applique le prélèvement à la source uniquement pendant les 60 premiers jours de subrogation.
Pour le calcul du revenu imposable soumis au prélèvement à la source, les indemnités journalières doivent être retenues à hauteur de 96,20 % de leur montant brut. Cette réduction correspond à la déduction forfaitaire destinée à neutraliser la part représentative de la CSG déductible (3.80 %).
Ainsi, lorsque l’employeur est subrogé, il doit intégrer 96,20 % du montant brut des IJSS maladie dans la base du PAS du salarié et appliquer le taux de prélèvement à la source transmis par l’administration fiscale.
L’employeur devient donc le collecteur du prélèvement à la source sur ces indemnités journalières, au même titre que pour la rémunération versée au salarié.
La durée de soixante jours s’apprécie pour chaque arrêt de travail, sans tenir compte de l’éventuel délai de carence applicable aux indemnités journalières.
Lorsque l’arrêt de travail fait l’objet d’une prolongation sans reprise d’activité entre les deux arrêts, il est considéré comme un arrêt unique. Le décompte du délai de soixante jours commence alors à courir dès le premier arrêt, sans interruption. Les jours indemnisés au titre de la prolongation s’ajoutent donc au décompte déjà engagé.
À l’inverse, lorsqu’une reprise effective du travail intervient entre deux arrêts, le second arrêt est traité de manière indépendante. Dans ce cas, le décompte du plafond de soixante jours est réinitialisé et recommence à courir à partir du premier jour du nouvel arrêt de travail.
Extraits de l’IR - Prélèvement à la source de l'impôt sur le revenu - Calcul du prélèvement - Assiette du prélèvement - Assiette de la retenue à la source du BOFIP
Référence :BOI-IR-PAS-20-10-10
« I. Revenus imposables selon les règles de droit commun des salaires […]
B. Cas particuliers […]
7. Subrogation de l'employeur dans les droits aux indemnités journalières des salariés
80 […] En cas de subrogation, c'est-à-dire lorsque l'employeur verse lui-même les indemnités journalières pour le compte des organismes de sécurité sociale ou de la mutualité sociale agricole, et dès lors que l'employeur ignore si les indemnités journalières maladie qu'il verse sont liées à une affection de longue durée ou à une maladie ordinaire, il est admis que seules les indemnités journalières en cas de maladie versées les deux premiers mois soient assujetties à la retenue à la source.
En revanche, la part de la rémunération correspondant au maintien du salaire, qui ne bénéficie d'aucune exonération d'impôt sur le revenu, est soumise en totalité à la retenue à la source et ce y compris au-delà du délai de deux mois.
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Pour l'application de ces dispositions, le délai de deux mois correspond à un délai de soixante jours décompté de date à date, à partir du premier jour de l'arrêt de travail.
Exemple : Ainsi, pour un arrêt débutant le 15 mars, le délai de soixante jours débute le 15 mars et se termine le 13 mai inclus :
- si la date de reprise du travail est prévue au plus tard le 13 mai, les indemnités journalières subrogées sont soumises à la retenue à la source ;
- si la date de reprise du travail est prévue postérieurement au 13 mai, les indemnités journalières subrogées sont soumises à la retenue à la source pour les versements effectués afférents à la période courant du 15 mars au 13 mai inclus ; les versements afférents à la période postérieure au 13 mai ne sont pas soumis à la retenue à la source.
La durée de deux mois s'apprécie au titre de chaque arrêt de travail et sans tenir compte du délai de carence.
Dans le cas d'un prolongement de l'arrêt maladie sans reprise d'activité entre les deux arrêts, le décompte du délai de soixante jours commence à courir dès le premier arrêt. Il n'y a donc pas d'interruption du décompte.
En revanche, en cas de reprise d'activité entre deux arrêts de travail, un nouveau décompte commence à courir à compter du premier jour du deuxième arrêt. […]
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L'assiette de la retenue à la source est égale au montant brut de l'indemnité maladie pour laquelle l'employeur est subrogé, diminué de la part déductible de la CSG. »
Exemple
Un salarié est en arrêt pour maladie non professionnelle. L’employeur pratique la subrogation.
Au cours des deux mois précédents, l’employeur a déjà intégré dans l’assiette du prélèvement à la source 50 jours d’indemnités journalières.
La règle fiscale prévoit que l’employeur applique le prélèvement à la source uniquement sur les 60 premiers jours d’IJSS subrogées.
Sur le bulletin de paie du mois en cours, l’employeur perçoit 20 jours d’IJSS.
Montant des IJSS brutes versées sur le bulletin :
- 20 jours × 38,50 € = 770 €
Cependant, seuls 10 jours doivent encore être pris en compte dans l’assiette du prélèvement à la source :
Montant des IJSS retenues pour le prélèvement à la source :
- 10 jours × 38,50 € = 385 €
Application de la règle des 96,20 % :
385 € × 96,20 % = 370,37 €
Le montant 370,37 € est donc intégré dans la base du PAS.
Les 10 jours d’IJSS supplémentaires versés sur le bulletin (385 €) ne sont pas pris en compte dans l’assiette du prélèvement à la source, car le plafond des 60 jours d’indemnités journalières subrogées a déjà été atteint.
Cas de la maternité, paternité, accueil de l’enfant et adoption
Les indemnités journalières versées pendant un congé maternité, paternité, d’accueil de l’enfant ou d’adoption constituent également un revenu de remplacement imposable à l’impôt sur le revenu.
En présence d’une subrogation, l’employeur doit les intégrer dans l’assiette du prélèvement à la source appliqué sur le bulletin de paie. Comme pour les indemnités journalières de maladie non professionnelle, le montant retenu dans la base du PAS correspond à 96,20 % du montant brut des IJSS.
Contrairement aux indemnités journalières de maladie non professionnelle, aucune limitation de durée n’est prévue. La règle s’applique donc pendant toute la période de subrogation, quelle que soit la durée du congé.
L’employeur assure ainsi le calcul, le prélèvement et la déclaration du prélèvement à la source sur ces indemnités journalières, en appliquant le taux transmis par l’administration fiscale.
Extrait du BoFIP
- Régime fiscal des indemnités journalières versées par les organismes de sécurité sociale et de la Mutualité sociale agricole
a. Indemnités journalières imposables
2°Indemnités journalières de repos versées aux assuré(e)s bénéficiant d'un congé de maternité ou de paternité
: « 140
En application de l'article 80 quinquies du CGI, les indemnités journalières de repos versées aux femmes qui cessent tout travail salarié pour raison de maternité dans les conditions et délais définis de l'article L. 331-3 du CSS à l'article L. 331-7 du CSS dans le cadre de l'assurance maternité du régime général de la sécurité sociale sont soumises à l'impôt sur le revenu suivant les règles applicables aux traitements et salaires, quelle que soit la période d'indemnisation à laquelle elles se rapportent.
Il en est de même s'agissant des indemnités journalières de congé de paternité versées conformément aux dispositions de l'article L. 331-8 du CSS. »
Exemple
Une salariée est en congé maternité.
L’employeur pratique la subrogation et déduit 30 jours d’IJSS brutes sur la paie en cours. Le montant de l’IJSS est de 60 €.
Montant total des IJSS brutes sur le mois :
- 30 jours × 60 € = 1 800 €
Contrairement à l’arrêt maladie, aucune limitation de durée ne s’applique.
L’ensemble des indemnités journalières est donc retenu pour déterminer le revenu imposable.
Application du coefficient de 96,20 % :
1 800 € × 96,20 % = 1 731,60 €
Le montant 1 731,60 € est intégré dans le revenu soumis au taux de prélèvement à la source du salarié.
Cas de l’accident du travail ou de la maladie professionnelle
Les indemnités journalières versées en cas d’accident du travail ou de maladie professionnelle bénéficient d’un régime fiscal spécifique.
Ces indemnités sont exonérées d’impôt sur le revenu à hauteur de 50 % de leur montant. Seule la moitié des indemnités journalières est donc considérée comme imposable.
Lorsque l’employeur pratique la subrogation, il doit intégrer dans l’assiette du prélèvement à la source uniquement la fraction imposable des IJSS, soit 50 % de leur montant brut.
Pour la détermination du revenu imposable, ce montant doit ensuite être retenu à hauteur de 96,20 %, afin de tenir compte de la déduction forfaitaire appliquée aux indemnités journalières.
Ainsi, 96,2 % de la moitié des IJSS brutes est intégré dans la base du PAS et soumis au taux transmis par l’administration fiscale.
Contrairement aux indemnités journalières de maladie non professionnelle, aucune limitation de durée n’est prévue : cette règle s’applique pendant toute la période de subrogation, quelle que soit la durée de l’arrêt de travail.
Paragraphe IA3 du BOFiP Impôts (BOI RSA CHAMP 20 30 20)
« 3° Indemnités journalières versées en application de la législation sur les accidents du travail
170
Les indemnités journalières allouées en cas d'accidents du travail ou de maladies professionnelles (AT/MP) en application des articles L. 433-1 et suivants du CSS sont soumises à l'impôt sur le revenu à hauteur de 50 % de leur montant.
Il en est ainsi également des indemnités journalières temporaires qui leur sont assimilées. Il s'agit notamment de celles versées en cas d'accidents de travail, de service ou de maladies professionnelles dans le cadre des régimes spéciaux de couverture, tel que celui prévu par exemple en faveur des marins désignés par le décret du 17 juin 1938. »
Exemple
Un salarié est en arrêt à la suite d’un accident du travail.
L’employeur pratique la subrogation et verse 12 jours d’IJSS.
Montant total des IJSS brutes :
- 12 jours × 55 € = 660 €
Les indemnités journalières d’accident du travail sont exonérées d’impôt sur le revenu à hauteur de 50 %.
Fraction imposable :
- 660 € × 50 % = 330 €
Application de la règle des 96,20 % :
330 € × 96,2 % = 317,46 €
Le montant 317,46 € est intégré dans base du PAS.
Cette règle s’applique pendant toute la durée de la subrogation, sans limitation dans le temps.
Synthèse de la base du PAS
| Type d'arrêt | Assiette du PAS | Limite de durée pour le PAS | Taux de CSG déductible |
| Maladie non professionnelle | 96,20 % du montant brut | 60 premiers jours d'arrêt | 3,80 % |
| Maternité / Paternité / Adoption | 96,20 % du montant brut | Toute la durée de l'arrêt | 3,80 % |
| Accident du Travail / MP | 96,20 % de 50 % montant brut | Toute la durée de l'arrêt | 3,80 % |
Dispositif fréquent dans la gestion des arrêts de travail
La subrogation est très courante en paie, notamment lorsque les conventions collectives prévoient un maintien de salaire intégral ou partiel pendant l’arrêt de travail.
Elle permet de sécuriser la rémunération du salarié et d’éviter des décalages de trésorerie liés aux délais de versement des indemnités journalières par la Sécurité sociale.
La maîtrise de ce mécanisme est essentielle afin d’assurer la cohérence entre la DSN, les IJSS versées et le bulletin de salaire.