congés payés déduit sur solde de tout comptes

J'ai été licencié pour abandon de poste pendant un arrêt de travail pour maladie professionnelle. Mon employeur prétendant  que je n'aurai pas justifié "mon absence" malgré la transmission de mes arrêts de travail et qie je l'ai toujours informé des prolongations dès ma sortie du médecin. Cependant, ma question porte sur le paiement de mes congés payés à la signature du solde de tout compte: 

Ayant été en maladie professionnelle d'octobre 2017 à juin 2018 (date de mon licenciement), j'avais acquis 30 congés payés pour 2017/2018 plus 6 restant de 2016/2017, ce qui apparaît clairement sur mes fiches de paie. 

Or, lors de la remise du solde de tout comptes, ceux de 2016/2017 n'apparaissait plus et ceux de 2017/2018 indiqués comme "pris". L'employeur ne m'a réglé aucuns congés payés se justifiant d'une part, par le fait qu'étant en contrat annualisé, les congés des mois non travaillés sont déduit et, d'autre part, que je n'aurait pas cumulé de congés payés durant ma période d'arrêt en maladie professionnelle. 

Cette procédure est- elle légale?

Merci d'avance de votre aide précieuse.