subrogation quand le salaire n'est plus maintenu à 100%

BONSOIR,
Je rencontre un problème avec mon gestionnaire de paie suite à un congés maladie au moment où je suis passée en demi traitement. Il a demandé la subrogation pendant toute la période de l'arrêt, qu'il s'agisse des 90 jours en maintien à 100% et des 90 jours à 50%.
les ij sont de 1210 euros pour 30 jours et j'ai perçu 962 euros en salaire pour la même période.
De plus ma prévoyance collective qui complète à hauteur de 97% de mon salaire net considère que j'ai eu les 1210 euros et rien à faire de leur côté pour moi, je reste avec une perte de 900 euros pendant les 90 jours en demi traitement où la subrogation a eu lieu.
J'ai lu que la subrogation n'a pas lieu si les ij sont supérieures aux droits statutaires, c'est bien mon cas là non?
J'ai écrit une dizaine de courriers à mon employeur, ils me disent avoir respecter la convention collective.
Ai je raison ? quelqu'un a t-il déjà connu cette sItuation en paie?
MERCI