conges acquis non pris

je suis en arrêt maladie longue durée depuis fevrier2016, je suis fonctionnaire et titulaire. Ou passent mes conges acquis en 2016 et ceux de 2017; Est ce que mon employeur doit me les mettre sur mon compte epargne temps pour en bénéficier plus tard ou est ce que je peux demander à en avoir payé une partie